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La provincia de Tarragona ha dado un importante salto de calidad en lo que se refiere a tecnología punta para la realización de estudios genéticos. El Hospital Sant Joan de Reus y el Laboratorio Clínico ICS Camp de Tarragona i Terres de l’Ebre, ubicado en el Hospital Joan XXIII de Tarragona, han incorporado cada uno un secuenciador NGS, aparatos que permiten secuenciar el genoma y obtener toda la información necesaria, descifrando el código genético. En el caso del Sant Joan, además del NGS también ha puesto en marcha otro secuenciador de tipo Sanger.
Teniendo en cuenta el actual contexto de pandemia que estamos viviendo, el poder contar con esta tecnología es importante a la hora de estudiar el virus del SARS-CoV-2. No obstante, hay que destacar que esta tecnología tiene otras utilidades importantes, como las oncológicas. En este sentido, Francesc Riu, director del servicio de Patología del Hospital Sant Joan de Reus, explica al Diari que «aunque la primera utilidad, y por eso lo hemos incorporado, ha sido el Covid, no hay que olvidar que somos un hospital que hacemos mucha biología molecular, sobre todo de cáncer. Por eso estaba previsto contar con este secuenciador, para el estudio del cáncer, porque esta secuenciación después te permite hacer tratamientos oncológicos de precisión. También es muy útil para estudios relacionados con el cáncer hereditario. No obstante, el Covid ha facilitado y acelerado la incorporación de este secuenciador.
Unidad de Genética Clínica
Teresa Sans, jefa del Laboratorio Clínico ICS Camp de Tarragona i Terres de l’Ebre, con sede en el Hospital Joan XXIII, coincide con Riu. «La utilidad de este secuenciador es importante en una serie de ámbitos y no solo en el tema covid. En el diagnóstico de precisión de enfermedades oncológicas, para hacer secuenciación de otras enfermedades infecciosas que no solo son covid y también para la Unidad de Genética Clínica, que será la primera de la provincia de Tarragona y estará en el Joan XXIII, para secuenciar los genes de las enfermedades minoritarias. Esta unidad ha empezado a funcionar ya pero es muy incipiente», explica.
Por lo que respecta al trabajo que se hace en el ámbito covid, el responsable de Patología del Sant Joan de Reus comenta que «las utilidades de este secuenciador son diversas. Por un lado, el control protocolizado que se hace al azar de entre un 5% y un 10%, que se tiene que hacer por un tema de vigilancia epidemiológica. También se utiliza en situaciones más específicas cuando pasa algo, como por ejemplo si se sospecha que hay una variante clínica o gente que está infectada y viene de algún país donde hay otra variante, o de pacientes vacunados que se reinfectan».
Desde que el Sant Joan cuenta con este aparato ha secuenciado unos 30 positivos de covid, el 90% de los cuales han sido de la variante inglesa y el resto de la común, la de Wuhan, la ciudad china donde se sitúa el origen del coronavirus. Por lo que respecta al Laboratorio Clínico ICS Camp de Tarragona, en dos semanas han secuenciado una veintena de positivos, siendo también la mayoría de la variante inglesa.
Equipo PCR
Al margen del trabajo que se lleva a cabo con los secuenciadores, el servicio de Patología del Hospital Sant Joan de Reus lleva un año largo inmerso en la labor de las PCR. Riu recuerda que «ya teníamos una experiencia previa de PCR con el estudio del cáncer. Cuando empezó la pandemia cogimos a profesionales de la casa –de patología– y del Consell Genètic del Càncer y del laboratorio y empezamos a hacer PCR en el hospital, en residencias y en atención primaria». No obstante, y viendo cómo el volumen de trabajo iba a más, «montamos un equipo específico de PCR (en mayo de 2020), con cinco biólogos y biotecnólogos y tres auxiliares, que trabajan los 7 días de la semana, 24 horas al día dedicados a la Covid», comenta Francesc Riu. Desde que empezó la pandemia, el Hospital Sant Joan de Reus ha realizado 110.000 PCR.
Riu también quiere poner en valor «el trabajo del laboratorio clínico del hospital, donde se hacen las PCR ultrarrápidas (en media hora) reservadas para casos urgentes. Es una técnica minoritaria que se utiliza en partos, pacientes que están graves, etc. Y también hacen las serologías».
En cuanto al Laboratorio Clínico ICS Camp de Tarragona i Terres de l’Ebre, durante el primer trimestre de este 2021 ha realizado 106.000 PCR, además de cribajes y estudios de las variantes para saber las mutaciones. «Llevamos estudiadas 400 muestras por variantes, 200 de las cuales se han secuenciado completamente en el Hospital Vall d’Hebron de Barcelona», explica Teresa Sans. Desde hace un par de semanas, esta secuenciación se hace con el nuevo aparato que hay en el Hospital Joan XXIII.
Menos pruebas
La mejora en los indicadores del virus que estamos experimentando en las últimas semanas también se traduce en el trabajo que se lleva a cabo en este laboratorio. «El volumen de trabajo en tema covid, en lo que a PCR se refiere, ha bajado. Ahora estamos en una media de 22.000 PCR mensuales, cuando hemos llegado a analizar unas 60.000», comenta Sans.
Por último, la responsable de este equipo, formado por entre 70 y 80 personas, explica que «el nuestro es un laboratorio muy transversal y tenemos sobre unas 1.200 peticiones al día. Ahora sobre todo trabajamos más en covid, oncomolecular y la secuenciación genética de enfermedades minoritarias.
